Бакитжан Малыбаев родился 23 июля 1969 года в селе Кызылтас Кордайского района Жамбылской области.
В 1990 году начал службу в органах внутренних дел.
C 1990 по 2016 год проходил службу в органах внутренних дел на различных должностях среднего и старшего начальствующего состава.
C 2016 года работал начальником Местной полицейской службы ДВД Астаны.
C 2018 по 2019 год был заместителем начальника Департамента полиции Нур-Султана.
С 2019 года работал первым заместителем начальника Департамента полиции Астаны.