Ержан Мурзабаев родился 12 августа 1969 года в Восточно-Казахстанской области.
Ержан Мурзабаев окончил Ярославское высшее военное финансовое училище имени генерала армии А.В. Хрулева, Финансовую академию при правительстве Российской Федерации.
Трудовую деятельность начал в структуре Министерства обороны Казахстана.
В 1995-1996 годах работал инспектором-ревизором Финансовой инспекции Бюджетно-финансового управления Министерства обороны.
С 1999 по 2000 год был заместителем начальника Ревизионно-контрольного управления – начальником финансового отдела, начальником Ревизионно-контрольного управления Департамента экономики и финансов Министерства обороны Казахстана.
В 2000-2002 годах возглавлял Главную финансовую инспекцию Министерства обороны Казахстана.
С 2002 по 2006 год был начальником контрольно-ревизионной службы, заместителем начальника Департамента военно-технического и финансового обеспечения – начальником Финансово-экономического управления Республиканской гвардии Казахстана.
С 2007 по 2009 год работал директором Департамента бюджетного планирования и управления активами, управляющий директор – директор регионального филиала по городу Алматы АО «Фонд развития предпринимательства "ДАМУ".
В 2009-2010 годах был директором Департамента финансов и бухгалтерского учета АО "Фонд недвижимости "Самұрық-Қазына".
В последующие годы работал на руководящих должностях в структурах Министерства обороны и Комитета национальной безопасности.