Эйсебио стал первым знаменитым футболистом африканского происхождения. Большую часть клубной карьеры провел в лиссабонской «Бенфике», в составе которой и приобрел известность. На счету Эйсебио 715 игр за «Бенфику», в которых он забил 727 мячей. С 1961 по 1973 год выступал за сборную Португалии (сыграл 64 матча, забил 41 гол).
Эйсебио — бронзовый призер чемпионата мира-1966. Одиннадцатикратный чемпион Португалии, пятикратный обладатель Кубка страны, обладатель Кубка европейских чемпионов (1962), чемпион Североамериканской футбольной лиги.
У знаменитого форварда множество личных достижений. Он был признан лучшим футболистом Европы 1965 года, двукратный лучший футболист Португалии, лучший бомбардир чемпионата мира 1966 года, семикратный лучший бомбардир чемпионата Португалии, трехкратный лучший бомбардир Кубка европейских чемпионов, двукратный обладатель «Золотой бутсы» (1968,1973, является первым ее обладателем), второй в списке лучших бомбардиров чемпионата Португалии за все годы.
По версии Международной федерации футбольной истории и статистики Эйсебио занимает девятое место в списке лучших футболистов 20-го века и шестое место среди футболистов Европы 20-го века.
Футбольную карьеру закончил в 1978 году.