Марат Алиханов родился в 1965 году. Окончил Карагандинский государственный университет им. Е. Букетова по специальности "правоведение".
Службу в органах прокуратуры начал в 1989 году с должности стажера-следователя прокуратуры города Актюбинска (ныне Актобе) Актюбинской области. Занимал должность судьи Аксуского районного суда, прокурора Экибастузского района, города Аксу и Павлодарского района Павлодарской области.
Позднее возглавлял управление Генеральной прокуратуры РК. В октябре 2012 года назначен начальником Департамента Агентства РК по борьбе с экономической и коррупционной преступностью по Акмолинской области. С 2014 по 2018 год работал заместителем и первым заместителем председателя Комитета по правовой статистике и специальным учетам Генеральной прокуратуры РК, главным транспортным прокурором РК и заместителем прокурора Павлодарской области.
Прокурором Туркестанской области был назначен в феврале 2020 года.