Город Байконур и космодром Байконур вместе образуют комплекс «Байконур», арендованный Россией у Казахстана на период до 2050 года. Эксплуатация космодрома стоит около 5 млрд рублей в год (стоимость аренды комплекса «Байконур» составляет 115 млн долларов — около 3,5 млрд рублей в год; ещё около 1,5 млрд рублей в год Россия тратит на поддержание объектов космодрома), что составляет 4,2 % от общего бюджета Роскосмоса на 2012 год. Кроме того, из федерального бюджета России в бюджет города Байконура ежегодно осуществляется безвозмездное поступление в размере 1,16 млрд рублей (по состоянию на 2012 год). В общей сложности космодром и город обходятся бюджету России в 6,16 млрд рублей в год.
По состоянию на 2012 год Байконур сохраняет лидирующее место в мире по числу пусков: отсюда за год была запущена 21 ракета-носитель (второе место занимает космодром Мыс Канаверал (США) с 10 пусками за год).