Утверждены правила проведения автоматизированного контроля выписки электронных счетов-фактур

Министр финансов подписал приказ от 15 октября 2025 года о некоторых вопросах проведения автоматизированного контроля выписки электронных счетов-фактур, сообщает Zakon.kz.

В частности, утверждены:

1. Категории налогоплательщиков, в отношении которых проводится автоматизированный контроль выписки электронных счетов-фактур;
2. Правила проведения автоматизированного контроля выписки электронных счетов-фактур.

Категории налогоплательщиков, в отношении которых проводится автоматизированный контроль выписки электронных счетов-фактур:

• налогоплательщики, исполнившие уведомление о подтверждении фактического совершения оборота по реализации товаров, выполнению работ и оказанию услуг путем отзыва электронных счетов-фактур.

Правила определяют порядок проведения автоматизированного контроля выписки электронных счетов-фактур (ЭСФ) плательщика налога на добавленную стоимость, относящегося к категории налогоплательщиков, в отношении которых проводится автоматизированный контроль выписки ЭСФ, включая:

• порядок ведения налогового счета плательщика НДС в сервисе "е-Тамга" (налоговый счет);
• порядок учета балансовой суммы НДС;
• порядок пополнения плательщиком НДС налогового счета;
• порядок перечисления в бюджет денег плательщика НДС, использованных для выписки ЭСФ;
• порядок и сроки подачи и рассмотрения заявления плательщика НДС о возврате денег;
• порядок возврата денег плательщику НДС;
• период проведения автоматизированного контроля.

Плательщику НДС в день исполнения уведомления о подтверждении фактического совершения оборота по реализации товаров, выполнению работ и оказанию услуг путем отзыва ЭСФ направляется информационное сообщение о включении такого плательщика в перечень налогоплательщиков, в отношении которых проводится автоматизированный контроль.

Информационное сообщение в течение одного рабочего дня со дня исполнения уведомления направляется в веб-приложение или личный кабинет пользователя на веб-портале "электронного правительства", с одновременной отправкой короткого текстового сообщения на абонентский номер сотовой связи, зарегистрированный на веб-портале.

Сведения о дате включения плательщика НДС в перечень и дате исключения его из перечня размещаются на интернет-портале Комитета государственных доходов и веб-портале tamga.qoldau.kz не позднее трех рабочих дней с даты включения в перечень или исключения из перечня.

Плательщик НДС после получения сообщения регистрируется в сервисе "e-Тамга" до выписки ЭСФ.

Регистрация плательщика НДС в сервисе "e-Тамга" проводится путем заключения с оператором пользовательского соглашения по предоставлению доступа к сервису "e-Тамга", которое подписывается плательщиком НДС с использованием электронной цифровой подписи.

При регистрации в сервисе "e-Тамга" плательщик НДС:

• указывает используемые информационные сервисы для получения информационных сообщений, включая номер мобильного телефона или адрес электронной почты;
• представляет реестр остатка товаров на дату постановки на регистрационный учет по НДС.

Автоматизированный контроль осуществляется в течение срока не менее 12 месяцев, исчисляемого со дня выписки первого ЭСФ плательщиком НДС, включенным в перечень, и продолжается до окончания последнего дня квартала, в котором истекает указанный срок контроля.

При этом автоматизированный контроль завершается досрочно при выполнении следующих условий в течение двух последовательных кварталов:

• непрерывное ежемесячное пополнение плательщиком НДС или покупателем налогового счета деньгами;
• сумма денег, использованных для выписки ЭСФ, составляет не менее 50% от суммы НДС, указанных в выписанных ЭСФ.

Досрочное завершение автоматизированного контроля производится по истечении второго из двух последовательных кварталов.

При снятии с регистрационного учета плательщика НДС в период проведения автоматизированного контроля плательщик НДС в течение трех рабочих дней с даты снятия с регистрационного учета плательщика НДС предоставляет реестр на дату снятия с регистрационного учета по НДС.

Автоматизированный контроль завершается со дня снятия с регистрационного учета плательщика НДС.

Плательщик НДС исключается из перечня со дня завершения автоматизированного контроля.

Также утверждены:

• Порядок ведения налогового счета.
• Порядок учета балансовой суммы налога на добавленную стоимость.
• Порядок пополнения плательщиком налога на добавленную стоимость налогового счета.
• Порядок и сроки подачи и рассмотрения заявления плательщика налога на добавленную стоимость о возврате денег.
• Порядок перечисления в бюджет денег плательщика налога на добавленную стоимость, использованных для выписки электронных счет-фактур.
• Порядок возврата денег плательщику налога на добавленную стоимость.

Возврат положительного баланса плательщику НДС осуществляется в пределах собственных пополненных денег в течение отчетного месяца или не возвращенных плательщику НДС денег на начало отчетного месяца, но не более текущего баланса НДС.

Возврат положительного баланса покупателю осуществляется в пределах пополненной покупателем денег в течение отчетного месяца или не возвращенных покупателю денег на начало отчетного месяца.

При этом деньги, использованные для выписки ЭСФ в период с даты расчета и даты подачи заявления о возврате, не подлежат возврату.

Возврат положительного баланса осуществляется путем перечисления денег на расчетный счет плательщика НДС, указанного в заявлении о возврате, либо в случае пополнения налогового счета покупателем за счет собственных денег – на расчетный счет покупателя, указанного в заявлении о возврате.

При отсутствии заявления о возврате от плательщика НДС или покупателя в течение трех рабочих дней с момента направления информационного сообщения деньги подлежат использованию в следующем месяце в счет обеспечения выписки ЭСФ.

Приказ вводится в действие с 1 января 2026 года.