Габит Байжанов окончил Высшую школу Министерства безопасности РФ им. Ф. Дзержинского в 1992 году, Академию внешней разведки РФ в 1995 году.
Начинал службу на офицерских должностях в органах национальной безопасности в 1986 году. Занимал руководящие должности с 1996 года.
С 2009 по 2015 год служил на руководящих должностях в СВР РК «Сырбар», с 2015 года – директор СВР РК «Сырбар».
С 2018 по 2019 год был помощником президента – секретарем Совета Безопасности РК. С октября 2019 года занимал должность заместителя председателя КНБ – директора Службы внешней разведки.