Протокол предусматривает определение участков деятельности пограничных представителей на казахстанско-кыргызской госгранице.
Так, со стороны Казахстана это участки: в пределах Алматинской области, Кордайский – в пределах Кордайского, Меркенского, Чуйского районов Жамбылской области. Таразский – в пределах Жуалынского, Жамбылского и Рыскуловского районов Жамбылской области.
Со стороны Кыргызстана: Иссык-Кульский в пределах Иссык-Кульской области, Чуйский – в пределах Чуйской области, Таласский – в пределах Таласской области.
Протокол является неотъемлемой частью соглашению между правительством Казахстана и правительством Кыргызстана "О деятельности пограничных представителей".
9 февраля 2023 года президент Казахстана Касым-Жомарт Токаев подписал закон о ратификации Протокола о внесении изменения в Протокол об условиях и переходных положениях по применению Кыргызской Республикой Договора о Евразийском экономическом союзе от 29 мая 2014 года. Тем самым Кыргызстану продлили срок для оснащения пунктов пропуска на границе необходимым оборудованием.